Aģentūru vada aģentūras vadītāja. Aģentūras darbs ir strukturēts trīs nodaļās – Kvalitātes novērtēšanas nodaļa, Attīstības un starptautiskās sadarbības nodaļa un Studiju kvalitātes komisijas sekretariāts.

Augstākās izglītības kvalitātes aģentūras organizatoriskā struktūra